La Biblioteca San Michele è nata negli anni '70 attorno alle attività promosse dai Padri Gesuiti di Alghero e dai volontari che frequentavano la loro comunità. L'apertura al pubblico è avvenuta però solamente nel 1997, con la costituzione dell'Associazione "Volontari per la Biblioteca San Michele" che si occupa tuttora della gestione dei servizi della biblioteca.
La Biblioteca ha sede nel Largo Lo Quarter in alcuni locali, dell'antico collegio dei Padri Gesuiti, fondato nel 1585 cui è annessa la chiesa tardoseicentesca dedicata a San Michele, caratterizzata da una variopinta quanto suggestiva cupola ottagonale alta circa 30 metri. Partecipa al Sistema bibliotecario urbano di Alghero e, dal 2005, aderisce al Sistema regionale SBN della Sardegna.